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= Target prediction =

Predicted Top Interactions of 8600 Total:

Resources: - all predictions as .csv-file or as RNAplex .res-file - provided sRNA sequence as .fasta-file
Filtering: - Show top interactions by energy - Show only Interactions on mRNA from to (0=Translation - Start)
Select interactions below for postprocessing
Select Energy
[kJ/mol]		 z-Score Interaction
[dot-bracket]		 mRNA
[Start]		 mRNA
[End]		 sRNA Gene
Annotation		 Locus
Tag		 Strand Genomic
Coordinates		 Accession Replicon
-35.19-6.67(((((((((((((((((((((((((((((&)))))))))))))))))))))))))))))-96-68 1-29S ribosylhomocysteine lyaseb2687-2812955-2812240NC_000913chromosome
-28.81-5.17(((((((((((((((((((((((((((&)))))))))))))))))))))))))))-103-77 10-36S ribosylhomocysteine lyaseb2687-2812955-2812240NC_000913chromosome
-20.92-3.32((((((((((((((((((((((((((((&))))))))))))))))))))))))))))-125-98 31-58S ribosylhomocysteine lyaseb2687-2812955-2812240NC_000913chromosome
-20.43-3.2(((((((((((((((((((((((((((&)))))))))))))))))))))))))))-145-119 52-78S ribosylhomocysteine lyaseb2687-2812955-2812240NC_000913chromosome
-18.72-2.8((((((((((((&))))))))))))12651276 7-18PaoABC aldehyde oxidoreductase; Moco containing subunitb0284-300358-297960NC_000913chromosome
-17.67-2.55(((((((((((((((&)))))))))))))))584598 8-22NANA-2997050-2995714NC_000913chromosome
-17.50-2.51(((((((((.((((((&)))))))))))))))673688 7-21histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunitb2309-2425010-2424028NC_000913chromosome
-17.23-2.45((.((((((((((((&)))))))))))).))947961 7-21D ala D a la transporter subunitb1487-1560705-1558955NC_000913chromosome
-16.98-2.39(((((((((.((((((&)))))))))))))))-199-184 7-21histidine/lysine/arginine/ornithine transporter permease subunitb2308-2424138-2423252NC_000913chromosome
-16.88-2.37(((((.(((((((((((((&))))))))))))))))))351369 7-24predicted ATPase; activator of (R) hydroxyglutaryl CoA dehydrataseb4334-4562912-4561945NC_000913chromosome
-16.87-2.36((((.(((((((((((&))))))))))).))))20572072 7-22outer membrane protein assembly factor; forms pores; required for OM biogenesis; in BamABCD OM protein complexb0177+197728-200360NC_000913chromosome
-16.80-2.35((((((((.(((((&))))).))))))))143156 8-21predicted transporterb1534+1619156-1620543NC_000913chromosome
-16.70-2.32((((((....(.((((((((((((((((&))))))))))))))))).))))))-1215 8-313 hydroxybutyryl CoA dehydrogenaseb1395+1456878-1458505NC_000913chromosome
-16.64-2.31((((((((((((&))))))))))))722733 7-18quinolinate phosphoribosyltransferaseb0109-118845-117752NC_000913chromosome
-16.53-2.28(((((((((((((((((&))))))))).))))))))721737 4-21predicted transporter subunit membrane component of ABC superfamilyb3462-3600309-3599051NC_000913chromosome
-16.46-2.27(((((((((.(((((&))))))))))))))510524 8-21potassium transporterb3849+4030968-4032619NC_000913chromosome
-16.21-2.21(((((.((((((((((((((&)))))))).)))))).)))))498517 4-24mannonate hydrolaseb4322+4549459-4550843NC_000913chromosome
-15.87-2.13(..((((((((((((((((&)))))).......))))))))))..)379397 7-32DNA topoisomerase I; omega subunitb1274+1328872-1331669NC_000913chromosome
-15.81-2.11(((...((.(((((((((((((((&))))))))))))))).)).)))548571 1-22predicted SAM dependent methyltransferaseb3497-3641355-3640403NC_000913chromosome
-15.73-2.1(.(((((((((((((((&))))))))))))))).)14181434 5-21enterobactin synthase multienzyme complex component; ATP dependentb0586+613180-617261NC_000913chromosome
-15.72-2.09((((....(((((((((&)))))))))....))))-152-136 5-2123S rRNA pseudouridine synthase; specific to U1911; U1915; and U1917b2594-2734233-2733053NC_000913chromosome
-15.72-2.09(((((((((((((((&)))))))))))))))590604 8-22ornithine decarboxylase; constitutiveb2965-3107377-3105042NC_000913chromosome
-15.71-2.09((((((((((((&))))))))))))-168-157 10-21predicted proteinb2958-3099845-3098926NC_000913chromosome
-15.66-2.08(((((((((((.((&)).)))))))))))100113 8-21NANA-2699220-2698640NC_000913chromosome
-15.56-2.06((((((...(((((((&)))))))...))))))155170 6-21conserved proteinb3013+3155472-3156598NC_000913chromosome
-15.52-2.05(((((((((((((..((((((&)))).))..)))))))))))))714734 8-292 octaprenylphenol hydroxylaseb3835+4018049-4019889NC_000913chromosome
-15.51-2.04((((......(((((((((((&)))))))))))..))))2848 5-21methionine aminopeptidaseb0168-189706-188712NC_000913chromosome
-15.50-2.04(((((((((.((((&)))).)))))))))196209 8-21citrate lyase; acyl carrier (gamma) subunitb0617-650206-649710NC_000913chromosome
-15.47-2.03(((((.((((((((((&)))))))))))))))691706 7-21fused sensory histidine kinase in two component regulatory system with KdpE signal sensing proteinb0695-723837-720953NC_000913chromosome
-15.41-2.02(((..((((((((((((&)))))))))))))))417433 7-21protein disaggregation chaperoneb2592-2732395-2729622NC_000913chromosome
-15.37-2.01((((((((.(((((&))))).))))))))303316 8-21zinc transporter subunit periplasmic binding component of ABC superfamilyb1857-1940807-1939675NC_000913chromosome
-15.32-2((((((((((..(((((&)))))))))))))))311327 8-22lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complexb2617+2751427-2751968NC_000913chromosome
-15.30-1.99(((((..((((.((((&))))))))..)))))659674 7-21Phenylacetyl CoA oxygenase; NAD(P)H oxidoreductase componenb1392+1454254-1455524NC_000913chromosome
-15.27-1.99((((((((((((..((((&))))..))))))))))))439456 7-24Inner membrane protein; AsmA familyb3524-3676573-3674313NC_000913chromosome
-15.23-1.98((((((((((((((&))))))))))))))3750 7-20predicted DNA binding transcriptional regulatorb2550+2680685-2682078NC_000913chromosome
-15.21-1.97(((.(((((((((((&))))))))))).)))122136 7-21conserved protein; UPF0304 familyb2294-2410816-2410122NC_000913chromosome
-15.14-1.96(((((((((((((((&)))))))))))))))596610 7-21flagellar protein of basal body outer membrane L ringb1079+1134587-1135485NC_000913chromosome
-15.14-1.96((((((((((((&))))))))))))933944 6-17predicted transporterb1657-1735514-1734145NC_000913chromosome
-15.13-1.95((((((((((((((&))))))))))))))22162229 8-21copper/silver efflux system; membrane componentb0575+597737-601080NC_000913chromosome
-15.12-1.95((((((((((((&))))))))))))566577 7-18NANA-3860210-3859196NC_000913chromosome
-15.10-1.95((((((.((((((.(((((..(.((((((&)))))).)..)))))))))))))))))544572 7-33predicted DNA binding transcriptional regulatorb2550+2680685-2682078NC_000913chromosome
-15.04-1.93((((((((((..((((((((((&)))))))))).))))))))))-90-69 1-21N acetylmuramoyl L alanine amidaseb2817-2947232-2945779NC_000913chromosome
-15.01-1.93(((((...((((((((((&)))))))))).)))))480497 6-21predicted anti terminator regulatory proteinb2768+2892018-2892793NC_000913chromosome
-14.98-1.92(((((((((((&)))))))))))-199-189 7-17TDP 4 oxo 6 deoxy D glucose transaminaseb3791+3972969-3974299NC_000913chromosome
-14.95-1.91(((((((((((((((&)))))).)))))))))16581672 7-22sensory histidine kinase in two component regulatory system with NarLb1222-1277041-1275045NC_000913chromosome
-14.95-1.91((((((((((((((&))))).)))))))))1730 7-21ribonucleoside diphosphate reductase 1; alpha subunitb2234+2342687-2345172NC_000913chromosome
-14.86-1.89(((((((((((&)))))))))))21242134 8-18predicted porin proteinb1495-1575843-1573271NC_000913chromosome
-14.78-1.87(((((((((.((((((&)))))))))))))))636651 7-21conserved protein with NAD(P) binding Rossmann fold domainb2304+2419530-2420623NC_000913chromosome
-14.77-1.87((((((((((((((&))))))))))))))984997 8-21e14 prophage; isocitrate dehydrogenase; specific for NADP+b1136+1194146-1195596NC_000913chromosome
-14.76-1.87((((((((((((((((&)))))))).))))))))636651 5-21D lactate dehydrogenase; FAD binding; NADH independentb2133+2220007-2221922NC_000913chromosome
-14.75-1.86((((((((((((&))))))))))))-83 10-21NANA+389275-393642NC_000913chromosome
-14.73-1.86(((.(((((((((((&))))))))))).)))11471161 8-22DNA topoisomerase I; omega subunitb1274+1328872-1331669NC_000913chromosome
-14.71-1.86(((((((((((&)))))))))))3848 5-15conserved tRNA binding proteinb3074-3219469-3218937NC_000913chromosome
-14.62-1.83(((((((((((((&))))))))))).))178190 8-21predicted proteinb4199-4423014-4422539NC_000913chromosome
-14.57-1.82((((((((((((((&))))).)))))))))242255 8-22quorum sensing sensory histidine kinase in two component regulatory system with QseBb3026+3168306-3169855NC_000913chromosome
-14.56-1.82((((((((((((((&)))).))))))))))-18-5 8-22outer membrane protein A (3a;II*;G;d)b0957-1019476-1018236NC_000913chromosome
-14.54-1.82((((((((((((&))))))))))))479490 7-18TDP fucosamine acetyltransferaseb3790+3972290-3973164NC_000913chromosome
-14.52-1.81((((((((((((((&))))))))))))))10421055 8-21predicted cytochrome C peroxidaseb3518-3667411-3665814NC_000913chromosome
-14.45-1.79((((((..((((((&))))))..))))))-131-118 8-21ATP dependent RNA helicaseb0797+829895-831459NC_000913chromosome
-14.41-1.78(((((((((.((((&)))).)))))))))-97-84 8-21citrate lyase; citryl ACP lyase (beta) subunitb0616-649913-648805NC_000913chromosome
-14.40-1.78(((..(((..(((((((((&)))))))))..)))..)))297315 4-22component of SufBCD complexb1683-1762233-1760546NC_000913chromosome
-14.39-1.78(((((.((.((((((((&)))))))).)).)))))5167 5-21predicted DNA binding transcriptional regulatorb0305+319251-320305NC_000913chromosome
-14.37-1.78((((.(((((((((((((((&))))...))))))))))).))))440459 7-29sensory histidine kinase in two component regulatory system with PhoPb1129-1189199-1187539NC_000913chromosome
-14.36-1.77(((((((((.((((&)))).)))))))))172185 8-21lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentationb3163-3307146-3306062NC_000913chromosome
-14.34-1.77((((((((((((&))))))))))))13451356 7-18phosphoglycero mutase III; cofactor independentb3612+3783083-3784827NC_000913chromosome
-14.34-1.77((((((((..(((((((&))))))).))))))))297313 7-22predicted proteinb1171-1222057-1221528NC_000913chromosome
-14.32-1.76(((((((((..((((&)))).)))))))))94108 8-21GTP cyclohydrolase Ib2153-2241874-2241006NC_000913chromosome
-14.31-1.76(((((((((..(((((((&))))))))))))))))114131 7-22NANA-3860210-3859196NC_000913chromosome
-14.30-1.76((((((((((((((((((((&)).))))))))))))))..))))-191-172 8-30cation transport regulatorb1218+1271530-1272425NC_000913chromosome
-14.28-1.75(((((((.((((..((((((.(&).))))))..)).)).)))))))-1011 7-29specificity determinant for hsdM and hsdRb4348-4579685-4578091NC_000913chromosome
-14.27-1.75(((((((((((.((&)).)))))))))))21742187 5-18exonuclease V (RecBCD complex); beta subunitb2820-2954225-2950483NC_000913chromosome
-14.26-1.75((((((((((((&))))))))))))-182-171 4-15oligopeptide transporter subunitb1244+1300723-1301843NC_000913chromosome
-14.23-1.74(((((..(((((((&)))))))..)))))498511 8-21predicted secretion pathway M type protein; membrane anchoredb2968-3109348-3108612NC_000913chromosome
-14.22-1.74(((((.((((((((.((((&)))))))))))))))))27612779 5-21endonuclease R Type I restriction enzymeb4350-4584984-4581272NC_000913chromosome
-14.21-1.74((((((((((&))))))))))582591 8-17predicted DNA binding transcriptional regulatorb2921-3065395-3064299NC_000913chromosome
-14.20-1.74((((((((((((((&)))))))))).))))633646 7-21predicted UDP glucose lipid carrier transferaseb2047-2119778-2118184NC_000913chromosome
-14.18-1.73(((((((((((((&)))))))))))))-77-65 10-22inhibitor of vertebrate C lysozymeb0220+240143-240816NC_000913chromosome
-14.17-1.73((((((((((((&))))))))))))330341 6-172C methyl D erythritol 2;4 cyclodiphosphate synthaseb2746-2870002-2869323NC_000913chromosome
-14.16-1.73(((((((((((&)))))))))))727737 8-18Dihydropyrimidine dehydrogenase; NADH dependent; subunit Bb2147+2233087-2234522NC_000913chromosome
-14.16-1.73(((..((((((((((((&)))))))))))))))824840 7-21conserved protein; UPF0701 familyb3644+3814499-3815562NC_000913chromosome
-14.14-1.72(((((((((((&)))))))))))25292539 7-17transcription repair coupling factorb1114-1173387-1169741NC_000913chromosome
-14.10-1.71(((((((((..(((((&))))).)))))))))23622377 7-21phosphoribosylformyl glycineamide synthetaseb2557-2693765-2689678NC_000913chromosome
-14.07-1.7((((((((((((&))))))))))))375386 7-18N acetylgalactosamine specific enzyme IIC component of PTSb3139+3282507-3283510NC_000913chromosome
-14.07-1.7((((((((((((((&))))))))))))))293306 8-21long chain acyl CoA thioesterase IIIb0443+463426-464024NC_000913chromosome
-14.06-1.7(((((((((((((((&))))))).))))))))636650 6-21conserved proteinb0916+968412-969844NC_000913chromosome
-14.05-1.7(((((((((((((&)).)))))))))))640652 8-21dipeptidyl carboxypeptidase IIb1538-1625604-1623359NC_000913chromosome
-14.05-1.7((((((((((((((((&))))))))))).)))))630645 6-22glycerol 3 phosphate dehydrogenase (NAD+)b3608-3781884-3780665NC_000913chromosome
-14.05-1.7((((((((((.((((&)))).))))))))))12051219 8-22protease; ATP dependent zinc metallob3178-3325157-3323023NC_000913chromosome
-14.04-1.7(((((((...((((&))))....)))))))1100111014 8-22NANA-1651062-1629026NC_000913chromosome
-14.03-1.7(((((((((.(((((&))))))))))))))34533467 8-21glutamate synthase; large subunitb3211+3352454-3357207NC_000913chromosome
-14.02-1.69(((((((((((.(((((((((&))))))))).))........)))))))))193213 1-29predicted inner membrane proteinb0317-334446-333749NC_000913chromosome
-14.01-1.69((((((((((((&))))))))))))862873 7-18transcriptional activator of cyn operon; autorepressorb0338-358114-357015NC_000913chromosome
-14.01-1.69(((((((((((&)))))))))))17661776 8-18p hydroxybenzoic acid efflux system componentb3240-3386410-3384243NC_000913chromosome
-13.99-1.69((((((.((((((((&))))))))..))))))399413 6-21protein required for the utilization of DNA as a carbon source; predicted DNA processing proteinb3499+3643208-3644250NC_000913chromosome
-13.97-1.68((((.(((((((((&))))))))).))))132145 8-21conserved proteinb0984-1047368-1045072NC_000913chromosome
-13.97-1.68((((((((((((&))))))))))))-146-135 6-17tRNA(Glu) U13 pseudouridine synthaseb2745-2869526-2868277NC_000913chromosome
-13.96-1.68(((((((((((((&)))))))))))))978990 3-1523S rRNA m(5)U1939 methyltransferase; SAM dependentb2785-2913222-2911721NC_000913chromosome
-13.96-1.68((((((((((((((&)))).))))))))))363376 8-22anti repressor for YcgE; blue light responsive; FAD binding; has c di GMP phosphodiesterase like EAL domain; but does not degrade c di GMPb1163-1214898-1213487NC_000913chromosome
-13.96-1.68(((((((((((&)))))))))))322332 1-11valine pyruvate aminotransferaseb3572+3737528-3738981NC_000913chromosome
-13.95-1.68(((..(((((((((&)))))))))..)))689702 8-21peptidase Tb1127+1184867-1186293NC_000913chromosome
10000

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